Giai đoạn từ 1856 tới 1873, người Hồi nổi dậy dưới sự chỉ huy của Đỗ Văn Tú có nguồn gốc từ Đại Lý, tuyên cáo một cách dứt khoát ý định của ông nhằm thiết lập một vương quốc Hồi giáo. Nước này ông ta gọi là Bình Nam Quốc (P’ing Nan Kuo) (Vương quốc Miền Nam An Bình), và chính ông đảm nhận vương tước Hồi giáo là Quốc vương (Sultan) với danh xưng bằng tiếng Ả Rập là Suleiman. Ông đã mau chóng chinh phục toàn thể miền tây Vân Nam, cho đến khi vương quốc của ông ta tiến sát vào Vương quốc Miến Điện, chẳng bao lâu sau bị ngã gục trước sự chinh phục của người Anh. Nhược điểm của Đỗ Văn Tú và các người ủng hộ ông là họ chỉ tượng trưng cho một quyền lợi cục bộ tại Vân Nam, một miền đất mãi mãi bị phân cắt bởi địa dư và cũng bởi cảm thức về chủng tộc và địa phương. Xem ra đã không có lực tập hợp được dân chúng bản địa cho lý cớ của Quốc vương Hồi giáo; tương tự cũng không có sự chống đối công khai với duyên cớ đó từ các phần tử này. Dân chúng Trung Hoa, nếu không tích cực phản đối, cũng giữ nguyên thái độ thụ động. Sự chống đối thực sự đến từ các đội quân của triều đại Mãn Châu, mặc dù các đội quân này trong thực tế là các lực lượng Trung Hoa nằm dưới sự chỉ huy của người Trung Hoa.

Sầm Dục Anh là một con người khác thường, phát sinh từ một gia đình gốc Trung Hoa định cư từ lâu tại các khu vực thị tộc của tỉnh Quảng Tây, gia đình của ông đã là các lãnh chúa phong kiến địa phương được nhìn nhận của một thị tộc như thế trong nhiều thế kỷ, song họ đã giữ lại văn hóa, ngôn ngữ Trung Hoa và dành đạt được các chức vụ chính thức. Bản thân Sầm Dục Anh chính vì thế là một người dân vùng Tây Nam, chứ không phải kẻ xâm nhập từ miền Bắc như Ngô Tam Quế, và có lẽ sự việc cũng dễ dàng hơn cho ông để tự lập mình thành vị chúa tể của miền Tây Nam ly khai hơn là Đỗ Văn Tú theo Hồi giáo. Đó là một cuộc chiến tranh lâu dài và tác hại, được phóng ra phần lớn trên cao nguyên Vân Nam, giữa Đại Lý và Côn Minh. Ngay từ 1857, Sầm Dục Anh đã tiến quân vào Đại Lý, nhưng bị đẩy lui. Trong cùng năm, quân Hồi giáo bao vây Côn Minh, lập lại mưu toan này trong năm 1861, và sau cùng, dưới sự chỉ huy của Đỗ Văn Tú, đã chiếm đóng thành phố một cách ngắn ngủi trong năm 1863. Nhưng các sự bất đồng và ghen tỵ của phe Hồi giáo, sự đầu hàng của một số thủ lĩnh của họ, và các cuộc tranh chấp bùng nổ giữa các người khác, đã hủy hoại các cơ may để củng cố các thắng lợi của họ. Dần dần, Sầm Dục Anh đã phục hồi và ổn định miền Đông của tỉnh. Cho mãi đến năm 1868, Đỗ Văn Tú vẫn có khả năng bao vây Côn Minh trong một năm trường, nhưng khi cuộc vây hãm đã bị phải bị bãi bỏ trong năm 1869, đó là một khúc rẽ trong cuộc chiến tranh lâu dài. Các cuộc công hãm kéo dài và lập lại nhiều lần vào một thành phố có tường thành bao quanh hẳn phải là một trong số các thí dụ cuối cùng của hình thái chiến tranh cổ xưa trong lịch sử. * Sầm giờ đây được bổ làm Phiên vương Vân Nam và đã giao cho thuộc cấp của ông, Yang Yu-k’o, thực hiện trận đánh cuối cùng. Yang tiến đánh Đại Lý năm 1872 và cưỡng chiếm lối đi qua đèo Hạ Quan nằm ở mỏm phía nam của hồ nước. Sau đó ông đã mở cuộc bao vây chính thành phố và chiếm lấy thành phố sau một cuộc kháng cự dũng mãnh và kéo dài. Ngay sau khi Đỗ Văn Tú chết (kẻ đã cố tự vẫn nhưng đã bị giao nạp bởi các cận vệ của ông trước khi ông có thể làm như thế), người Hồi giáo vẫn kháng cự bên trong lẫn ngoài thành phố trong gần một năm. Hàng nghìn người đã bị giết, nhưng vẫn tiếp tục chiến đấu. Khi công cuộc bình định được hoàn tất, dân số của tỉnh được ước lượng đã giảm từ 8 triệu người xuống khoảng 3 triệu người, mặc dù được nghĩ rằng nhiều người trong số mất tích trong thực tế đã chạy trốn sang các miền hòa bình hơn. Sau khi thất bại, số lượng người Hồi đã giảm mạnh.